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一種高通量RNA結構測定方法點擊次數:2895 更新時間:2010-12-29

                        一種高通量RNA結構測定方法

《自然—方法學》近日刊文,描述了一種高通量RNA結構測定方法——“片段化測序”法(Fragmentation sequencing ,FragSeq)。


RNA對基因表達和基因組穩定性的調控作用成為近來研究的熱點,而弄清RNA二級結構是理解RNA功能的*個必要步驟。測定非編碼RNA結構的經典方法是化學法和酶法,但是它們一次只能測定一個RNA分子,這種方法不僅費力而且對技術要求高。FragSeq法卻可以在整個轉錄組水平同時對大量RNA進行結構測定。
該研究利用核酸酶P1將小鼠RNA進行片段化,得到20–100-nt 大小片段;之后在片段的5"-PO4和3"-OH端分別加上接頭,通過逆轉錄和PCR擴增之后,構建FragSeq文庫并對其進行深測序。為了保證文庫片段均是由核酸酶P1剪切產生,薩拉馬等設置了兩個對照組:一組RNA不使用核酸酶P1處理來估算由內源降解產生5"-PO4基團的片段數,另一組則多加了T4連接酶處理RNA,以此來計算不產生5"-PO4基團的片段數。通過凝膠電泳分離出目標片段。zui后薩拉馬等利用一種軟件,可以將大量測序結果格式化,使其能夠被一種RNA預測軟件讀取,進而預測出RNA二級結構。


相關研究由美國加州大學圣克魯茲分校霍華德·休斯醫學研究院教授索菲·薩拉馬(Sofie Salama)所領導的課題組完成。

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